Казахский государственный юридический институт Министерства юстиции Республики Казахстан (далее – РК) был организован Указом Президента РК от 14 марта 1994 года № 1591 и Постановлением кабинета министров РК от 26 мая 1994 года № 564 по инициативе министра юстиции, ученого-юриста Н.А. Шайкенова. Перед вузом была поставлена задача подготовки высококвалифицированных юристов, способных в условиях социально-экономических преобразований обеспечить правовую реформу, проводимую в стране.
В период своего становления вуз насчитывал 12 филиалов. 5 ноября 1996 года КазГЮИ был преобразован в Казахский государственный юридический университет Постановлением Правительства Казахстана и передан из ведения Министерства юстиции в ведение Министерства образования и науки.
В 2000 году Казахский государственный юридический университет был объединен с Институтом государства и права НАН РК, и 14 февраля 2000 года была создана Казахская государственная юридическая академия (КазГЮА).
24 октября 2001 года Республиканское государственное казенное предприятие «КазГЮА» было преобразовано в ЗАО «Казахский гуманитарно-юридический университет» (КазГЮУ) с местом дислокации в Астане. Головной вуз переехал в Астану в 2002 году (филиал КазГЮУ в Астане был образован в 1998–1999 учебном году). 16 января 2003 года ЗАО «КазГЮУ» было преобразовано в ОАО «КазГЮУ», а затем 19 мая 2004 года – в АО «КазГЮУ».
В сентябре 2007 года КазГЮУ подписал Великую хартию университетов в Болонье.