Учебное заведение основано в 1919 году как основной конкурент Карлова университета. Инициатором его создания был Томаш Масарик, будущий первый президент Чехословакии.
Факультет экономики и администрирования зародился в 1991 году. Сейчас он единовременно обучает 4,5 тысячи студентов – очно и дистанционно. Преподавание ведется на английском и чешском языках. Качество экономических исследований, проводимых подразделением, получило мировое признание.
Университет Масарика поддерживает талантливых студентов из развивающихся стран. Стипендия для них составляет 6 тысяч чешских крон в месяц, что примерно равно 230 евро.