За прошедшие годы на факультете сформировались ведущие в России научные школы по различным фундаментальным направлениям прикладной математики и информатики: по теории некорректно поставленных задач, по математической физике и спектральной теории дифференциальных уравнений, по нелинейным динамическим системам и процессам управления, по вычислительным методам и математическому моделированию, по теории игр и исследованию операций, по оптимальному управлению и системному анализу, по математической кибернетике и математической логике, по теории вероятностей и математической статистике, по прикладному и теоретическому программированию, по архитектуре вычислительных систем и сетей.
В состав факультета ВМК входят 18 кафедр: математической физики, вычислительных методов, общей математики, функционального анализа и его применений, автоматизации научных исследований, вычислительных технологий и моделирования, квантовой информатики, нелинейных динамических систем и процессов управления, оптимального управления, системного анализа, математической статистики, исследования операций, математических методов прогнозирования, математической кибернетики, системного программирования, алгоритмических языков, автоматизации систем вычислительных комплексов, английского языка.