Сегодня РГПУ им. А.И. Герцена является крупнейшим вузом России. В его составе – более 20 факультетов и 100 кафедр, а также Институт довузовской подготовки, Институт повышения квалификации и переподготовки, НИИ непрерывного педагогического образования, Институт естествознания, Институт гуманитарного образования, Межвузовский центр международного сотрудничества, Международный центр образовательных инноваций, Центр дистанционного обучения и телекоммуникационной поддержки образования, Лингвистический центр, Центр технологий обучения, Центр международного образования «Российские исследования».
Все образовательные структурные подразделения взаимодействуют с научными подразделениями университета: НИИ физики, НИИ непрерывного педагогического образования, НИИ общего образования, более чем 25 научными центрами и лабораториями.