Прешовский университет входит в число элитных университетов Словакии. До 1997 года был в составе Университета Павла Йозефа Сафарика в Кошице и считался институтом, а уже с 1 января 1997 года стал самостоятельным высшим учебным заведением.
В 2010 году университет Прешова окончательно подтвердил свой уровень аккредитации и получил статус университета с 3-4 уровнем аккредитации.
В состав университета входит восемь факультетов, учиться можно на очном и заочном отделениях. Все факультеты предоставляют обучние по степеням: